司马芝，字子华，河内温县（今属河南）人。少时为书生。后赴荆州避乱，在鲁阳山遇到贼寇，同行的人都抛下老弱逃走了，只有司马芝守护在老母身旁。贼寇看他是孝子，认为杀之不义，遂免于被害。此后家居十余年，躬耕垄亩，照顾老母。曹操平定荆州，司马芝投靠曹操，任菅县（今山东章丘西北）长。他执法严正，不畏强暴。地方豪强郡主簿刘节拥宾客千余家，都不服徭役。司马芝强迫刘节代替宾客远行。青州人称许他“以郡主簿为兵”。后迁广平令。当时征虏将军刘勋，依仗与曹操有旧，宾客、子弟在界内数次犯法。刘勋下书给司马芝，不著姓名，多有嘱托。司马芝不报其书，仍然依法处置。后迁大理正。历任甘陵（今山东清平县南）、沛（今安徽濉县西北）、阳平（今山东莘县）太守，所在都有功绩。黄初年间，入为河南尹。司马芝抑强扶弱，不徇私情。身边没有人敢求他通融。在他的教导下，其余官吏都忠于职守。明帝即位，赐爵关内侯。不久曹洪乳母与临汾公主侍者共犯刑律，被押在狱中。卞太后派人说情，司马芝不应，还上书明帝，要求依法诛罚。明帝应允，不准任何人再去通融。后为大司农，主张“崇本抑末，务农重谷”“专以农桑为务”，得到魏明帝曹叡的赞同。司马芝居官十几年，始终执法严明，刚正不阿，家无余财，在当时的官吏中是少有的。
三国志卷十二 魏书十二 崔毛徐何邢鲍司马传第十二
司马芝字子华，河内温人也。少为书生，避乱荆州，于鲁阳山遇贼，同行者皆弃老弱走，芝独坐守老母。贼至，以刃临芝，芝叩头曰：“母老，唯在诸君!”贼曰：“此孝子也，杀之不义。”遂得免害，以鹿车推载母。居南方十余年，躬耕守节。
太祖平荆州，以芝为菅长。时天下草创，多不奉法。郡主簿刘节，旧族豪侠，宾客千余家，出为盗贼，入乱吏治。顷之，芝差节客王同等为兵，掾史据白：“节家前后未尝给繇，若至时藏匿，必为留负。”芝不听，与节书曰：“君为大宗，加股肱郡，而宾客每不与役，既众庶怨望，或流声上闻。今条同等为兵，幸时发遣。”兵已集郡，而节藏同等，因令督邮以军兴诡责县，县掾史穷困，乞代同行。芝乃驰檄济南，具陈节罪。太守郝光素敬信芝，即以节代同行，青州号芝“以郡主簿为兵。”迁广平令。征虏将军刘勋，贵宠骄豪，又芝故郡将，宾客子弟在界数犯法。勋与芝书，不著姓名，而多所属托，芝不报其书，一皆如法。后勋以不轨诛，交关者皆获罪，而芝以见称。
迁大理正。有盗官练置都厕上者，吏疑女工，收以付狱。芝曰：“夫刑罪之失，失在苛暴。今赃物先得而后讯其辞，若不胜掠，或至诬服。诬服之情，不可以拆狱。且简而易从，大人之化也。不失有罪，庸世之治耳。今宥所疑，以隆易从之义，不亦可乎!”太祖从其议。历甘陵、沛、阳平太守，所在有绩。黄初中，人为河南尹，抑强扶弱，私请不行。会内官欲以事托芝，不敢发言，因芝妻伯父董昭。昭犹惮芝，不为通。芝为教与群下曰：“盖君能设教，不能使吏必不犯也。吏能犯教，而不能使君必不闻也。夫设教而犯，君之劣也；犯教而闻，吏之祸也。君劣于上，吏祸于下，此政事所以不理也。可不各勉之哉!”于是下吏莫不自励。门下循行尝疑门干盗簪，干辞不符，曹执为狱。芝教曰：“凡物有相似而难分者，自非离娄，鲜能不惑。就其实然，循行何忍重借一簪轻伤同类乎!其寝勿问。”
明帝即位，赐爵关内侯。顷之，特进曹洪乳母当，与临汾公主侍者共事无涧神系狱。卞太后遣黄门诣府传令，芝不通，辄敕洛阳狱考竟，而上疏曰：“诸应死罪者，皆当先表须报。前制书禁绝淫祀以正风俗，今当等所犯妖刑，辞语始定，黄门吴达诣臣，传太皇太后令。臣不敢通，惧有救护，速闻圣听，若不得已，以垂宿留。由事不早竟，是臣之罪，是以冒犯常科，辄敕县考竟，擅行刑戮，伏须诛罚。”帝手报曰：“省表，明卿至心，欲奉诏书，以权行事，是也。此乃卿奉诏之意，何谢之有?后黄门复往，慎勿通也。”芝居官十一年，数议科条所不便者。其在公卿间，直道而行。会诸王来朝，与京都人交通，坐免。
后为大司农。先是诸典农各部吏民，末作治生，以要利人。芝奏曰：“王者之治，祟本抑末，务农重谷。《王制》：‘无三年之储，国非其国也。’《管子区言》以积谷为急。方今二虏未灭，师旅不息，国家之要，惟在谷帛。武皇帝特开屯田之官，专以农桑为业。建安中，天下仓廪充实，百姓殷足。自黄初以来，听诸典农治生，各为部下之计，诚非国家大体所宜也。夫王者以海内为家，故《传》曰：‘百姓不足，君谁与足!’富足之由，在于不失时而尽地力。今商旅所求，虽有加倍之显利，然于一统之计，已有不赀之损，不如垦田益一亩之收也。夫农民之事田，自正月耕种，耘锄条桑，耕熯种麦，获刈筑场，十月乃毕。治廪系桥，运输租赋，除道理梁，熯涂室屋，以是终岁，无日不为农事也。今诸典农，各言‘留者为行者宗田计，课其力，势不得不尔。不有所废，则当素有余力。’臣愚以为不宜复以商事杂乱，专以农桑为务，于国计为便。”明帝从之。
每上官有所召问，常先见掾史，为断其意故，教其所以答塞之状，皆如所度。芝性亮直，不矜廉隅。与宾客谈论，有不可意，便面折其短，退无异言。卒于官，家无余财，自魏迄今为河南尹者莫及芝。
芝亡，子岐嗣，从河南丞转廷尉正，迁陈留相。梁郡有系囚，多所连及，数岁不决。诏书徙狱于岐属县，县请豫治牢具。岐曰：“今囚有数十，既巧诈难符，且已倦楚毒，其情易见。岂当复久处囹圄邪!”及囚至，诘之，皆莫敢匿诈，一朝决竞，遂超为廷尉。是时大将军爽专权，尚书何晏、邓飏等为之辅冀。南阳圭泰尝以言进指，考系廷尉。飏讯狱，将致泰重刑。岐数飏曰：“夫枢机大臣，王室之佐，既不能辅化成德，齐美古人，而乃肆其私忿，枉论无辜。使百姓危心，非此焉在?”飏于是惭怒而退。岐终恐久获罪，以疾去官。居家未期而卒，年三十五。子肇嗣。